Um dia durante a aula na escola, um criatura irreconhecível aparece para Ash e os outros. Quando eles percebem, a criatura desaparece, mas por alguma razão eles não conseguem encontrar Pikachu por perto também. Parece que Pikachu foi levada pela misteriosa criatura. Ash, agitado, começa a procurar por Pikachu, mas acaba no caminho da Equipe Rocket.

Ash e os outros foram ao Centro Pokémon para uma experiência de trabalho do programa da escola. Contudo, a Joy que trabalha lá está com o corpo ruim devido a um resfriado. Ash e os outros decidem ajudá-la em suas tarefas, mas então más companhias aparecem sob a forma da Equipe Skull.